En el mismo lugar que actualmente se levanta el Santuario de la Concepción se encontraba una pequeña ermita con la advocación de San Antón en el siglo XVI. Con motivo de la epidemia de peste que asoló Andalucía en el año 1650, el pueblo de la entonces Villa de la Puente de Don Gonzalo, se encomendó a la Stma. Virgen para implorar el milagro de la curación. Eligiéndola como Patrona perpetua de la Villa mediante un Voto que año tras año Puente Genil renueva cada 8 de diciembre.

Diversos acontecimientos y gracias a la fama de milagrera  que ostenta la Virgen de la Concepción se decide levantarle una Iglesia más acorde con su Patronazgo en la segunda mitad del siglo XVIII, comenzando las obras en el año 1760 a instancias de su mayordomo D. Ignacio Jurado Roldán, comprándose para la ampliación varias casas de la calle Aguilar. Las obras de la nueva Iglesia comprenden desde el año 1760 hasta el año 1799, fecha esta última de la portada principal del templo, realizada por los canteros de la Villa, los hermanos Gallardo. Esta portada es la más suntuosa de las Iglesias de Puente Genil con su lonja o escalinata delantera cerrada con cancel, dobles columnas , frontón partido etc. Todo realizado en piedra procedente de Sierra Gorda y embutido en un gran nichal.

En el interior del Templo son de destacar el retablo mayor realizado en yeso tallado y policromado a imitación de mármoles de colores en el que intervino el tallista de Lucena Pedro de Mena Gutiérrez; las yeserías barrocas de estilo popular se reparten por todo el templo en torno a unas grandes pilastras de estilo corintio. A destacar la cúpula elíptica con yeserías en las que se reproducen motivos marianos.

En el camarín del siglo XVIII, se encuentra la imagen de la Patrona, la Purísima Concepción, que data de segunda mitad del siglo XVI. Es de talla completa, aunque desde hace siglos revestida. Ostenta en su mano al Niño Jesús.

En 1987 fue Coronada Canónicamente y en 2013 nombrada Alcaldesa Perpetua de la Villa.

La Imagen del Señor de la Oración del Huerto, de vestir, pertenece también al siglo XVIII , procede de la primitiva Ermita de Santa Catalina y estuvo ubicada también a finales del siglo XIX en la antigua Iglesia de la Asunción (Exconvento de San Francisco)

2002 el Papa concede el título de Pontificia a la Patrona de la Villa, acompañado por las correspondientes Indulgencias Plenarias que se ganan en este Santuario pontanés.

Fuente: 

Santuario de la Concepción

Iglesia